8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.2.1.二维模拟

8.2.2.类型标签

8.2.3.三斜（非正交）模拟盒子

8.2.4.恒温器

8.2.5.恒压器 

气压稳定是指在 MD 模拟中控制压力。恒温调节Thermostatting 意味着控制颗粒的温度。由于压力包括由粒子速度引起的动力学分量，因此这两种操作都需要计算温度。通常，目标温度 (T) 和/或压力 (P) 由用户指定，恒温器或恒压器尝试将系统平衡至所需的 T 和/或 P。

LAMMPS 中的气压调节是通过fixes来执行的。目前有两种气压调节方法：Nose-Hoover（npt 和 nph）和 Berendsen：

• fix npt

• fix npt/sphere

• fix npt/asphere

• fix nph

• fix press/berendsen

fix npt命令包括 Nose-Hoover 恒温器和恒压器。Fix nph只是一个 Nose/Hoover 恒压器；它没有恒温功能。  fix nph and fix press/berendsen都可以与任何thermostatting fixes结合使用。

与恒温器一样，fix npt 和 fix nph 在计算 T 和 P 以及执行恒温/恒压时仅使用粒子的平移运动。

Fix npt/sphere and fix npt/asphere  恒温器/恒压器不仅使用平移速度，还使用球形和非球形粒子的旋转速度

所有 barostatting fixes均使用 compute pressure来计算当前压力。默认情况下，此计算是使用简单的 compute temp创建的（请参阅  compute pressure命令的最后一个参数），用于计算压力的动力学分量。气压稳定修复还可以使用温度计算来消除偏差，以计算对当前压力有贡献的动力学分量。请参阅各个修复程序的文档页面以及fix_modify  命令，以获取有关如何将温度或压力计算分配给气压统计修复程序的说明。

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注：

与恒温器一样，Nose/Hoover 方法（fix npt 和 fix nph）执行时间积分。 Fix press/berendsen 不会，因此它应该与恒定 NVE 修复之一或 NVT 修复之一一起使用。

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热力学输出可以通过thermo_style 命令设置，通常包括压力值。正如 thermo_style ​​​​​​​命令页面上所解释的，默认压力是由thermo命令本身设置的。它不是与您定义的任何气压调节修复相关的压力，也不是与您定义的计算压力的任何计算相关的压力。气压统计修复的文档页面解释了它们创建的压力计算的 ID。因此，如果您想查看这些压力，则需要通过thermo_style custom ​​​​​​​命令显式指定它们。或者您可以使用 thermo_modify ​​​​​​​命令重新定义默认热力学输出使用的压力计算。