易基因-单细胞甲基化测序单细胞转录组测序

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。

易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

高通量单细胞DNA甲基化测序简介

单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术,传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受限于检测成本、不同细胞位点检测共有性差异等。

高通量单细胞甲基化scRBS技术指标:

  • 起始量:单细胞;
  • 高通量:上百成千个单细胞快速高通量甲基化检测;
  • 数据量:单细胞1G测序数据;
  • 覆盖度:每个单细胞覆盖4-10M的CG位点;
  • 重复性:不同单细胞CG位点覆盖重复性可到达50%以上;
  • 分辨率高:单碱基分辨率;
  • 性价比高:单个细胞检测费用低至千余元。

多个单细胞检测CG位点的重复性高度一致

单细胞转录组测序(smart-seq2)简介

Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

技术优势:

  • 起始量低:1-1000个细胞或10pg-10ng total RNA即可高效扩增;
  • 转录本覆盖度高:通过双端引物扩增全长cDNA,获得全转录组信息,避免3’端和5’端偏好性,产物完整性好;
  • 检测灵敏度高:大幅度增加了低表达基因的检出量;
  • 碱基分辨率高:可达单碱基分辨率,且可以定位到具体基因的具体转录本;
  • 实验可控:质控点多,可从实验的开端判断细胞状况。

相关阅读:

Nature | 易基因DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导

技术推介|单细胞转录组测序(smart-seq2)

技术推介|高通量单细胞甲基化测序技术介绍(sc-RBS)

技术推介 | 单细胞及微量样本DNA甲基化测序(Micro DNA-BS)

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mfbz.cn/a/7625.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系我们进行投诉反馈qq邮箱809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

【Python】1分钟就能制作精美的框架图?太棒啦

提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录前言一、准备二、基本使用与例子1.初始化与导出2.节点类型3.集群块4.自定义线的颜色与属性总结前言 Diagrams 是一个基于Python绘制云系统架构的模块,它能…

使用Pytorch实现对比学习SimCLR 进行自监督预训练

SimCLR(Simple Framework for Contrastive Learning of Representations)是一种学习图像表示的自监督技术。 与传统的监督学习方法不同,SimCLR 不依赖标记数据来学习有用的表示。 它利用对比学习框架来学习一组有用的特征,这些特征…

linux 匿名管道 pipe

专栏内容:linux下并发编程个人主页:我的主页座右铭:天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物.目录 前言 概述 原理介绍 接口说明 pipe 与 fifo的区别 代码演示 结尾 前言 本专栏主…

【K8S系列】深入解析无状态服务

目录 序言 1. 无服务介绍 1.1 优点 1.2 使用场景 1.3 资源类型 1.4 总结 2 使用介绍 2.1 Deployment 使用场景: 2.2 ReplicaSet 使用场景 2.3 pod Pod 资源定义示例 2.4 service 创建一个Deployment: 创建一个Service: 总结…

ChatGPT,让程序员从一片黑暗森林奔向另一片黑暗森林!

几年前看过一个电影,叫做《隐藏人物》,主要讲三位女性在NASA工作时反抗“种族歧视”和“性别歧视”的故事,其中有个情节让我印象极其深刻:NASA计算部门有一群女生,她们的工作是计算飞船轨道,纯手工计算。某…

【算法基础】(一)基础算法 --- 离散化

✨个人主页:bit me ✨当前专栏:算法基础 🔥专栏简介:该专栏主要更新一些基础算法题,有参加蓝桥杯等算法题竞赛或者正在刷题的铁汁们可以关注一下,互相监督打卡学习 🌹 🌹 &#x1f3…

软件测试,自学3个月出来就是高薪工作?你以为还是2019年以前?

朋友,作为一个曾经从机械转行到IT的行业的过来人,已在IT行业工作4年,分享一下我的经验,供你参考。 讲真,现在想通过培训班培训几个月就进入IT行业,越来越来难了;如果是在2018年以前,…

Spark 算子

目录 什么是Spark rdd算子 算子的分类 Transformation算子 Action算子 转换算子 Value类型 map mapPartitions mapPartitionsWithIndex glom groupBy filter sample distinct coalesce sortBy 双Value类型 intersection union subtract zip K-V类型 par…

【Java基础】-【SpringMVC】

目录什么是MVC?DAO层是做什么的?Spring MVC的执行流程Spring MVC常用注解Spring MVC的拦截器怎么去做请求拦截?其他cookie和session的区别cookie和session各自适合的场景session的工作原理get请求与post请求的区别get请求的参数能放到body里面…

JAVASE基础(一)

这里写目录标题一、javaSE基础1.jdk文档2.代码量统计工具3.文档注释4.反编译工具5.JDK、JRE、JVM(java虚拟环境)*6.变量命名规则7.变量的作用域8.数据类型9.进制10.反汇编器javap一、javaSE基础 1.jdk文档 Overview (Java Platform SE 8 ) (oracle.com…

stable-diffusion安装和简单测试

参考: https://github.com/CompVis/stable-diffusion 理解DALLE 2, Stable Diffusion和 Midjourney的工作原理 Latent Diffusion Models论文解读 【生成式AI】淺談圖像生成模型 Diffusion Model 原理 【生成式AI】Stable Diffusion、DALL-E、Imagen 背後…

面向对象编程(基础)3:对象的内存解析

目录 3.1 JVM内存结构划分 3.2 对象内存解析 举例: 内存解析图: 面试题:对象名中存储的是什么呢? 3.3 练习 3.1 JVM内存结构划分 HotSpot Java虚拟机的架构图如下。其中我们主要关心的是运行时数据区部分(Runtime …

python字符编码

目录 ❤ 前言 文本编辑器存取文件的原理(nodepad,pycharm,word) python解释器执行py文件的原理 ,例如python test.py 总结 ❤ 什么是字符编码? ASCII MBCS Unicode ❤ 字符编码的发展史 阶段一: 现代计算…

vue - vue中混入mixin的使用

vue中mixin混入的使用1,概念2,使用场景3,开始使用4,局部混入和全局混入5,总结1,概念 官方解释: 混入 (mixin) 提供了一种非常灵活的方式,来分发 Vue 组件中的可复用功能。一个混入对…

Python 自动化指南(繁琐工作自动化)第二版:十七、计时、安排任务和启动程序

原文:https://automatetheboringstuff.com/2e/chapter17/ 坐在电脑前运行程序是没问题的,但让程序在没有你直接监督的情况下运行也很有用。您计算机的时钟可以安排程序在某个指定的时间和日期或定期运行代码。例如,你的程序可以每小时抓取一个…

Python 自动化指南(繁琐工作自动化)第二版:十三、使用 EXCEL 电子表格

原文:https://automatetheboringstuff.com/2e/chapter13/ 虽然我们不经常将电子表格视为编程工具,但几乎每个人都使用它们将信息组织成二维数据结构,用公式执行计算,并以图表的形式产生输出。在接下来的两章中,我们将把…

Window10平台下编译Sqlite3.4

1、下载网址:SQLite Download Page 需要下载如下内容: 我这里下载64位的dll 2、我用的vs2019新建一个windows桌面项目,应用程序类型:动态链接库(.dll),空项目: 3、将如下文件复制到工程目录下,然后添加到工程中 添加到…

动力节点老杜Vue笔记——Vue程序初体验

目录 一、Vue程序初体验 前言 1.1 下载并安装vue.js 1.2 第一个Vue程序 1.3 Vue的data配置项 1.4 Vue的template配置项 一、Vue程序初体验 前言 可以先不去了解Vue框架的发展历史、Vue框架有什么特点、Vue是谁开发的,这些对我们编写Vue程序起不到太大的作…

koa开发实践2:为koa项目添加路由模块

nodeJS server-side-developkoa开发实践2:为koa项目添加路由模块上一节:《 koa开发实践2:为koa项目添加路由模块 》| 下一节:《 koa开发实践3:在koa项目中使用 swagger 文档 》作者: 李俊才:…

哪些是真正的全光谱灯品牌呢?推荐五款全光谱护眼灯

所谓全光谱,就是指灯光的色谱成分无限接近太阳光的色谱成分。我们都知道,太阳光不单单只有一束简单的白光,而是有很多种颜色的单色光复合而成,所以它的色彩显色效果非常丰富、真实,这些单色光也成了太阳光的色谱成分。…
最新文章