Ubuntu22.04上作业调度管理软件PBS Torque的安装、配置及主要使用方法

文章目录

  • 前言
  • 一、PBS及Torque是什么？
  • 二、Ubuntu22.04上Torque的安装和配置步骤
    • 1. 更新系统软件包
    • 2. 安装必要的软件包
    • 3. 下载和安装Torque
    • 4. 配置Torque
    • 5. 设置环境变量
    • 6. 配置和启动Torque服务
    • 7. 配置计算节点
    • 8. 创建队列的信息，名称 batch001
    • 9. 提交测试任务
  • 三、设置PBS Torque开机自动启动
    • 1. 编辑rc-local.service文件
    • 2. 创建并保存rc.local文件
    • 3.赋予rc.local可执行权限
    • 4.为rc-local.service添加软链接
    • 5.使rc-local.service生效并启动
  • 四、PBS Torque的使用
    • 1.创建作业
    • 2.提交作业
    • 3.监控作业
    • 4.删除作业
  • 总结
  • 参考资料

前言

PBS Torque作为一种开源的作业调度和资源管理系统，广泛用于高性能计算环境中。它提供了一个集中式的作业调度器，可以有效地管理计算集群中的作业，并将它们分配给可用的资源。
Torque目前最新版本为7.0.1，本文将介绍Linux Ubuntu 22.04上PBS Torque 6.1.3的安装、配置及主要使用方法。

一、PBS及Torque是什么？

PBS(Portable Batch System)最初由NASA的Ames研究中心开发，主要为了提供一个能满足异构计算网络需要的软件包，用于灵活的批处理，特别是满足高性能计算的需要，如集群系统、超级计算机和大规模并行系统。PBS的主要特点有：代码开放，免费获取；支持批处理、交互式作业和串行、多种并行作业，如MPI、 PVM、HPF、MPL；PBS是功能最为齐全, 历史最悠久, 支持最广泛的本地集群调度器之一。
PBS的目前包括openPBS, PBS Pro和Torque三个主要分支. 其中OpenPBS是最早的PBS系统, 目前已经没有太多后续开发, PBS pro是PBS的商业版本, 功能最为丰富. Torque是Clustering公司接过了OpenPBS, 并给与后续支持的一个开源版本。

PBS Torque作为一种开源的作业调度和资源管理系统，广泛用于高性能计算环境中。它提供了一个集中式的作业调度器，可以有效地管理计算集群中的作业，并将它们分配给可用的资源。

PBS Torque的主要特点包括：

  1. 高度可伸缩性：它可以支持从几台机器到上千台机器的集群规模，并可以动态地扩展和收缩。这使得它非常适合于大规模的高性能计算环境。
  2. 灵活的作业调度：PBS Torque根据作业的优先级和资源需求，自动调度和分配作业给可用的计算节点。它提供了各种调度策略和调度器插件，以满足不同的需求。
  3. 多用户支持：PBS Torque可以同时管理多个用户的作业，并为每个用户提供独立的计算资源。它还可以实施配额和限制，以确保公平分配计算资源。
  4. 弹性资源管理：PBS Torque可以管理多种类型的计算资源，包括CPU、内存、存储和网络带宽等。它可以根据作业的需求动态分配和管理这些资源。
  5. 作业监控和管理：PBS Torque提供了详细的作业监控和管理功能，包括作业状态查询、错误日志分析和资源利用统计等。这些功能有助于用户了解作业的执行情况和集群的利用率。

总的来说，PBS Torque是一个功能强大且灵活的作业调度和资源管理系统，可以有效地管理大规模的高性能计算环境。它已经被广泛应用于学术界和工业界，成为许多超级计算机和集群系统的首选作业调度器。
在这里插入图片描述

Torque目前最新版本为7.0.1，本文将介绍Linux Ubuntu 22.04下PBS Torque 6.1.3的安装、配置及主要使用方法。

二、Ubuntu22.04上Torque的安装和配置步骤

在Ubuntu上安装Torque可以按照以下步骤进行：

1. 更新系统软件包

sudo apt update
sudo apt upgrade

2. 安装必要的软件包

sudo apt install build-essential libssl-dev libxml2-dev libboost-all-dev libz-dev liblzma-dev libevent-dev libsqlite3-dev libmysqld-dev mysql-client mysql-server libmunge-dev libmunge2

3. 下载和安装Torque

首先，从Torque项目的官方网站下载Torque源代码包。可以使用如下命令下载最新版本：

wget http://wpfilebase.s3.amazonaws.com/torque/torque-6.1.3.tar.gz

接下来，解压下载的源代码包：

tar -xvzf torque-6.1.3.tar.gz
cd torque-6.1.3

然后，配置和编译Torque：

./configure --disable-gui --prefix=$HOME/app/torque-6.1.3 --disable-gcc-warnings
make -j8 CFLAGS='-fpermissive'

configure由于gcc warning中断，可加入–disable-gcc-warnings

最后，使用以下命令进行安装，其中需要使用root权限，创建/var/spool/torque文件夹：

sudo make install

4. 配置Torque

首先，创建必要的目录：

sudo mkdir -p /var/spool/torque/mom_priv
sudo mkdir -p /var/spool/torque/server_priv

然后，使用以下命令生成Torque配置文件及添加启动项：

sudo cp contrib/init.d/pbs_mom /etc/init.d/pbs_mom
sudo cp contrib/init.d/pbs_server /etc/init.d/pbs_server
sudo cp contrib/init.d/trqauthd /etc/init.d/trqauthd
sudo cp contrib/init.d/pbs_sched /etc/init.d/pbs_sched

sudo cp contrib/systemd/pbs_mom.service /etc/systemd/system/
sudo cp contrib/systemd/pbs_server.service /etc/systemd/system/
sudo cp contrib/systemd/trqauthd.service /etc/systemd/system/
sudo cp contrib/systemd/pbs_sched.service /etc/systemd/system/

sudo chmod +x /etc/init.d/pbs_*
sudo chmod +x /etc/init.d/trqauthd
sudo chmod +x /etc/systemd/system/pbs_*
sudo chmod +x /etc/systemd/system/trqauthd.service

sudo update-rc.d pbs_mom defaults
sudo update-rc.d pbs_server defaults
sudo update-rc.d pbs_sched defaults
sudo update-rc.d trqauthd defaults

接下来，编辑/etc/hosts文件，添加主机名和IP地址的映射：（对于计算节点nodes同样需要设置）

sudo vim /etc/hosts

在文件中添加类似以下内容，只需要添加第二行对应的信息：ip_address可由ifconfig查看，hostname命令查看hostname

127.0.0.1       localhost
<ip_address>    <hostname>

5. 设置环境变量

切换到root，打开profile：

su root
vim /etc/profile

添加以下内容：

export PATH=$HOME/app/torque-6.1.3/bin:$PATH
export PATH=$HOME/app/torque-6.1.3/sbin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/app/torque-6.1.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH

生效

source /etc/profile

6. 配置和启动Torque服务

首先，编辑/var/spool/torque/mom_priv/config文件，添加以下内容：

pbsserver     <主节点主机名>

然后，编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes文件，添加各个节点的主机名和CPU数量，例如：

<node1> np=<CPU数量> gpus=<GPU数量>
<node2> np=<CPU数量> gpus=<GPU数量>
...

接下来，编辑/var/spool/torque/server_name文件，添加主节点主机名。

<主节点主机名>

最后，启动Torque服务：

sudo service pbs_mom start
sudo service pbs_server start
sudo service pbs_sched start
sudo service trqauthd start

7. 配置计算节点

pbs_mom.service 拷贝到所有子节 点上相同的位置：node1, node2，并在所有子节点上执行：

scp contrib/systemd/pbs_mom.service node1:/usr/lib/systemd/system/
chmod 754 /usr/lib/systemd/system/pbs_mom.service
systemctl enable pbs_mom.service
systemctl start pbs_mom.service

重启服务

sudo su
for i in trqauthd pbs_server pbs_sched pbs_mom ; do service $i restart; done
exit

检查PBS，显示类似如下信息。

ps -e | grep pbs

在这里插入图片描述
以上如果没有错误提示，Torque已经在Ubuntu上安装好了并配置好了。接下来可以使用Torque命令行工具来管理和监控作业。

8. 创建队列的信息，名称 batch001

su root
qmgr -c 'create queue batch001'
qmgr -c 'set queue batch001 queue_type= execution'
qmgr -c 'set queue batch001 started= true'
qmgr -c 'set queue batch001 enabled= true'
qmgr -c 'set queue batch001 resources_default.nodes= 1'
qmgr -c "set queue batch001 resources_max.ncpus=12" #12为队列最大允许的cpu核数
qmgr -c "set queue batch001 resources_default.walltime = 1000:00:00" #1000为队列默认时长
qmgr -c 'set server default_queue= batch001'
qmgr -c 'set server scheduling=true'
qmgr -c "set server query_other_jobs =True"

输入qnodes, 查看节点信息。
在这里插入图片描述

9. 提交测试任务

echo sleep 60 | qsub

输入qstat -a命令可以查看任务详情。

三、设置PBS Torque开机自动启动

1. 编辑rc-local.service文件

sudo vim  /lib/systemd/system/rc-local.service

打开rc-local.service文件之后在最后添加如下代码

[Install]
WantedBy=multi-user.target  
Alias=rc-local.service

2. 创建并保存rc.local文件

sudo vim /etc/rc.local

打开rc.local文件之后添加如下代码

#!/bin/bash
systemctl start pbs_server.service
systemctl start pbs_sched.service
systemctl start pbs_mom.service
systemctl start trqauthd

3.赋予rc.local可执行权限

sudo chmod +x /etc/rc.local

4.为rc-local.service添加软链接

sudo ln -s /lib/systemd/system/rc-local.service /etc/systemd/system/

5.使rc-local.service生效并启动

sudo systemctl enable rc-local
sudo systemctl start rc-local.service  #启动服务
# sudo systemctl stop rc-local.service  #暂停服务
# sudo systemctl status rc-local.service #查看状态
# sudo systemctl daemon-reload # 重新加载自启服务

四、PBS Torque的使用

1.创建作业

使用PBS Torque提交作业之前，需要创建一个作业脚本。作业脚本是一个包含作业信息的文本文件，用于告诉PBS Torque如何运行作业。作业脚本通常使用PBS的命令行工具qsub提交。
以下是一个示例作业脚本：

#!/bin/bash
#PBS -N MyJob
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1:00:00

mpirun -np 4 echo "Hello, PBS Torque"

在上面的示例中，作业名称是MyJob，使用了1个节点和4个进程，并设置了最长运行时间为1小时。使用mpirun命令运行作业中的程序。

2.提交作业

将作业脚本保存为job.sh文件，并使用qsub命令提交作业：

qsub job.sh

作业将被提交到PBS Torque队列中，等待调度和执行。

3.监控作业

可以使用qstat命令来查看作业的状态和进度。例如，使用以下命令查看所有作业的状态：

qstat -a

4.删除作业

如果需要删除已经提交的作业，可以使用qdel命令并指定作业的ID：

qdel job_id

总结

以上是PBS Torque 6.1.3在Ubuntu22.04上的安装、基本配置和使用方法。
根据具体需求，可以参考PBS Torque的官方文档和用户手册，进一步学习PBS Torque的高级功能和配置选项以获取更详细的信息。

参考资料

  1. https://blog.csdn.net/qq_29684215/article/details/116603489
  2. https://blog.csdn.net/r1141207831/article/details/125262556

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