云平台教程 | 手把手教你绘制时序分析

爱基百客云平台小工具——时序分析使用教程目录

1 爱基百客云平台之时序分析

2 参数设置

3 任务查看

4 结果

爱基百客云平台小工具使用

首先，打开爱基百客官网：http://www.igenebook.com；点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

弹出云平台界面（下图），输入账号、密码和验证码方可登录；进入云平台，可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化，实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”！

登陆后，如下图，我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了31款小工具供大家使用，包括基础绘图，高级绘图，差异检验，聚类分析，序列处理等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。

1.1

爱基百客云平台之时序分析

在转录组数据分析过程中，我们最常做的是不同处理方式的样本之间的比较（Treated vs Control），这时候我们采用“DEG分析+pathway分析”的方式就可基本完成对数据的分析，但有时会获得不同时间点处理或者发育时间线，亦或是疾病进展不同时期的基因表达水平。这时候，单纯的差异分析只能进行两两组别之间的对比，找出差异基因或者基因集。不足以满足研究整个生物学过程的动态调控。基于此，表达时序分析可以帮助研究者理解基因在时间轴上的表达动态变化，揭示基因调控的动态性和复杂性。通过分析基因在不同时间点上的表达水平变化，可以识别关键的调控因子和信号通路，深入探索基因调控的动态机制。

时序分析的核心算法是基于模糊c均值聚类（Fuzzy C-Means Clustering，FCM）。

1. 模糊C均值聚类：不同于Kmeans或其他聚类方法，Mfuzz 提供了用于执行模糊C均值聚类的函数，可以将基因表达数据分成具有相似表达模式的基因簇。

2. 特征选择：Mfuzz 可以帮助研究者从聚类结果中识别出具有显著表达模式的基因，进行特征选择和功能富集分析。

3. 可视化工具：Mfuzz 包含了可视化工具，如热图和聚类图，可以直观展示聚类结果和基因表达模式。

下面我们以时序分析为例进行实操练习。

首先点击小工具时序分析

右侧的工具介绍和常见问题对时序分析小工具进行的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时，该页面还提供了一些常用参数调节选项。聚类数提供了常见数目的选项，线条颜色有默认值，您也可进行自定义，后面将详细介绍。输出名自定义，默认result。

1.2

参数设置

输入文件：支持txt(制表符分隔)文本文件，以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

表达数据文件之间需用制表符(Tab键)分隔，第一行为表头信息，第一列为gene或蛋白名，其余每个样本一列。如下表所示：

分组文件包含两列，第一列是样本名，第二列是组名。样本需按照时间点从上往下排。如下表所示：

如果文件已经上传过，您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定，无须再次上传。

聚类群数目可以逐一尝试去评估。如果您看到有些聚类群的折线图在外观上比较相似，它们大致反映了同一种时间趋势时，表明存在冗余的聚类群，可能意味着需减少聚类群数量。如果您看到有些聚类群的折线图内的折线并不整齐，波动幅度过大，或者出现了多个密度中心，可能意味着需增加聚类群数量。多次尝试后，再结合实际情况，挑选出感觉最合适的那个出来。

时序分析可视化图提供了默认配色。如需要自定义配色，时序分析需要填入包含多个颜色的色系，例如可填写”#F87400_Yellow_OliveDrab1”更换配色。

取色器每次能取一种颜色，颜色输入值为多个时，将挑选好的颜色组合，中间用下划线分隔，填入颜色参数方格中。

输出名自定义即可。

填写好上述所有的参数后，点击提交即可。

1.3

任务查看

您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示，也可通过任务名、任务编码、日期点击查询，找到需要的任务。如下图：当状态成功时，表示任务成功结束。