JET毛选学习笔记:如何利用《实践论》学习实验

一、个人背景介绍

本人本科读的是预防医学专业(因为没考上临床),硕博连读(报名人少,我报了就得了)的时候专业是流行病与卫生统计学,除了学习流行病学、统计学(忘得差不多了),还学会了蹭热点,学R语言撸生信(只灌水了1篇文章,搞不过别人,放弃了),学python撸机器学习(赶上时代洪流,灌了几篇文章,写了点教程蹭了点流量)。但实际上,我的大部分时间还是一名实验狗,做过很多基础研究相关的生物学实验,养细胞、基因过表达/敲降、养动物、提核酸、qPCR、WB、RIP、Co-IP、Chip、分选流式、分析流式等等。因此,这履历吧,说好听点叫做“多学科交叉复合型人才”,实际上可能就是一个“四处横跳、偶尔投机,但又有点科研初心”的“理想主义与实用主义交织”的打工人。

二、写作动机

说白了,还是懒吧。因为要带学生了,学生又都是没有实验基础的,大多也都是我这种流病背景的,听到做实验天生恐慌的那种。带的学生多了,也发现各种问题,我随便举个例子给大家感受(对号入座)一下:

(1)张三学习WB,跟着师姐观摩学习了一个月后,开始上手做,发现这个月似乎学了个寂寞,啥都没记住;

(2)李四的WB跑出来白板,一脸懵逼,于是重复一次,依旧是白板。激起了男生的胜负欲,发扬“越挫越勇”的精神,然后白板了十次,还是不出来;

(3)王五终于在第三次试验把WB做出来了,信心满满,但下一次又做不出来了,然后emo了一个月;

等等......

不知道小伙伴们中了几个,这就是传说中被实验支配的恐惧吧。其实,这还不是最恐怖的。最可怕的是,作为一个需要带学生的青椒或者师兄师姐,每年都得经历一次,恐怖的恶性循环,期间会有多少精神内耗。

所以,我在想,造成这种乱象的本质是什么?有没有什么高效的解决办法?学生们总说:“我之前都没做过实验,没有基础。”或者“XXX很聪明,我比不了。”或者“数据分析更简单,做啥基础研究。”我陷入了思考:“没做过实验?我之前也没做过啊!不聪明?我高考是靠民族加分才勉强上线的,我也不是很聪明啊,我记得我学习提质粒做了6遍才成功,而且实验又不是高数和物理,不需要太多的智商吧。”

于是乎,我翻开了《实践论》(应该来说是毛选),似乎找到了一点灵感:一切行动的问题都是思想的问题,具体来说,是世界观和方法论的问题。而这,可能就是最本质、最共性的问题。

综上,我写作目的在于:尽量把教员思想所体现的世界观和方法论与自身的学习经历相结合,为萌新们提供一个思路。

那么,第一篇要推荐的,就是大名鼎鼎的《实践论》。

三、开始吟唱

文章开头,直接上终极结论:

“从感性认识而能动地发展到理性认识,又从理性认识而能动地指导革命实践,改造主观世界和客观世界。实践、认识、再实践、再认识,这种形式,循环往复以至无穷,而实践和认识”之每一循环的内容,都比较地进到了高一级的程度。这就是辩证唯物论的全部认识论,这就是辩证唯物论的知行统一观。”

这就是学习一门实验,甚至是任何新知识、新技能的“屠龙术”。我以我学习Chip为例子,来尝试解构这一段话吧。

(1)获取感性认识和间接经验

当你接到学习任务的时候,你可能从民间听到很多关于Chip的传说,大概率包括但不限于:Chip很难做、Chip是玄学等等。此时,你就已经对Chip有了第一个感性认识:似乎很难的一个实验。

随后,师兄师姐会给你一份实验步骤,可能还会甩个b站链接让你先看看。对你来说看这些可能跟看天书没什么两样,但至少形成进一步的感性认识:好像就是加样、电泳、什么超声、共沉淀等那几个步骤。

到这里,你已经获得了属于你自己的感性认识,或者叫做间接经验。注意,为什么叫做属于你自己的感性认识或者间接经验,那是因为每个人对同一句话的理解是不同的(知识背景和理解能力的差异)。举个栗子:“取THP-1细胞接种于培养皿”,对于完全没做过实验的童鞋来说,他们的理解就是听君一席话就是一席话:“取一个T什么P1的细胞接种于培养皿”。对于实验老手来说,他们能脑补出很多疑问:“THP-1是悬浮细胞还是贴壁细胞,这关系到用1640还是DMEM培养液;使用多少孔板的培养皿;实验目的是什么”。

那么,感性认识和间接经验有没有用呢?我个人认为是有用的,获取的正确的间接经验越多,实验前的准备越充足,到后面所走的弯路可能就越少。下面分享我的大致的学习步骤:

尽可能了解该实验的实验目的

例如,Chip实验的目的在于验证某个蛋白是否与某段DNA链相结合(本质),进一步延伸,则是某个转录因子能否调控某个基因的表达(转录因子属于蛋白,基因的表达本质上就是转录因子结合到其DNA的启动子区域,启动转录)。

②广泛地收集和寻找实验步骤

首先,可以通过微信搜索,因为成熟的实验一般都有公众号进行科普。

然后,进行广泛地阅读,这一步重点在于对该实验的原理、方法、步骤进行泛读,从而对该实验有一个感性认识,明白它大概怎么做、步骤是否繁琐、涉及到哪些领域等等。

随后,可以寻找该实验是否存在成熟的试剂盒。可以通过多渠道进行筛选:(a)课题组一直在用的;(b)公众号出现频次高的;(c)大牌子的,进口的如CST、merk、赛默飞等,国产的如碧云天等;(b)多问几个试剂商。然后,下载2-3个试剂盒的步骤说明书开始交叉对比研究。

当然,课题组有现成的,忽略以上步骤,直接拿来研究即可。

精读实验步骤:

主要精读1个即可,其余1-2个进行对照(看看有什么异同)。

所谓的精读,是指把每个步骤都进行消化吸收,而且要在脑子重构出场景,身临其境地在你塑造的虚拟空间进行模拟,不要放过每一个细节。

举Chip的一个步骤:“1.准备适量冰浴预冷的PBS,以及100mMPMSF。将SDSLysisBuffer适当温浴,使其中的SDS充分溶解,并混匀。”

开始模拟:你穿上白大褂,带好口罩和手套。

第一步,准备适量冰浴预冷的PBS,以及100mMPMSF。那么,PBS和PMSF你买了么?放在哪里(4℃还是-20℃)?适量是多少量?冰浴预冷怎么做?制冰机提前开了么?预冷多久足够?100mM浓度的PMSF怎么配制,配制的话用什么稀释?

第二步,将SDSLysisBuffer适当温浴,使其中的SDS充分溶解,并混匀。那么,SDSLysisBuffer放在哪里(4℃还是-20℃)?什么叫适当温浴?水浴锅提前开了么?需要调到多少度?温浴多久足够?怎么看SDS充分溶解?用什么方法混匀,是直接摇,还是用枪头?

看到了没,一个步骤,蕴含了多少细节,要是一个不注意,能把你卡死在操作台上。

以上问题全部解决以后,大脑模拟如下:至少提前一小时打开制冰机。穿上白大褂,带好口罩和手套,用专用泡沫盒装上冰,进入细胞房,打开操作台,放入实验必须的物品(白枪盒、黄枪盒、篮枪盒等),开紫外。打开水浴锅,调到37℃。从冰箱拿出PBS和PMSF,放到冰上预冷。水浴锅加热到37℃后,把SDSLysisBuffer放入水浴锅。紫外结束后,开台,喷酒精,把冰盒擦酒精后放入操作台。把SDSLysisBuffer从水浴锅拿出,放进操作台,拧开盖子观察是否有结晶析出,使用蓝色大枪进行混匀。

以上只是一个例子,但是这些细节,一定要在大脑中演练1-2遍,建议把所有步骤的细节都写下来,整理成自己的实验步骤。工作是很繁琐的,但磨刀不误砍柴功,这一步绝对不能懒!!!

翻车点:其实吧,在这一步,很多人都已经偷懒了,以为拿到课题组的成熟的实验步骤,再去庙里拜一拜,就能万事大吉了。客观现实不以人的意志为转移的,这么想只能被狠狠打脸,因为你拿到的实验步骤是别人的“直接经验”,绝对不是完全适合你,要记住,每个人都有适合自己的实验步骤,而这个步骤必须由你自己来提炼。

(2)开始实践:第一次实践,观摩为主

拿着自己的步骤(小本子)开始做实验,假设你有师兄师姐带,那就以观摩为主。重点在于:把你之前在大脑模拟的整个步骤和师兄师姐实际操作步骤进行对比,看看有什么差距?一旦有疑问马上询问,并做好笔记。此外,主动地脑补实验步骤,比如师兄师姐做完这一步,你自己要想下一步做什么?甚至提前去准备好下一步所需要的试剂耗材。

这一步叫做:主观是否符合客观,就是你想的跟实际发生的符不符合?

翻车点:但是吧,很多人,比如上文提到的张三,在观摩的时候基本是处于神游状态的,事后也不及时复盘总结,能学得会那都是假的。这种没有目的地盲目实践也是我们要杜绝的。

当然,如果没有师兄师姐带,略过这一步,直接跳到自己动手那一步。

(3)开始总结:第一次总结

实验结束后,及时进行总结和更新。比如说,你认为的步骤是这样,实际上师兄师姐的操作是那样,那么,主观就是不符合客观了。此时,也不要盲从师兄师姐的步骤,要去做调查和思考,看看其他说明书,问问其他老师,原则就是实事求是,如果确实是你的步骤不对,那就改过来,并注明为什么不对。

这就是第一次经历过实践的更新迭代,此时你的认知已经向前迈出了实质性的一步。

(4)再实践:第二次实践,在师兄师姐的监督下亲手操作

拿着自己更新的步骤(小本子也好,打印出A4纸也行)开始做实验,此时可以在师兄师姐的监督下开始自己操作。这一步不要奢求一步到位,肯定状况连连,记住这些错误和卡顿的地方。错误的多少取决于前面步骤你做的功课是否充足,心态要摆正,这是正常的现象。

(5)再总结:第二次总结

实验结束后,再次及时进行总结和更新。这里重点总结自己上手操作的翻车点,比如时间安排不合理呀、手法有问题呀、试剂找不到呀等等,逐一进行重点反思和总结提高,然后更新到你的实验步骤里。

说一个有趣的事情:不同人对同一个操作可能会有不同操作习惯,比如,WB把胶扣出玻璃板转到三明治结构的时候,有人喜欢正着扣,有人适合反着扣,因人而异。这时你需要确定哪个方法适合你,没必要一味模仿师兄师姐。

(6)再实践:第三次实践,无师兄师姐监督下独立操作

拿着自己更新的步骤(小本子也好,打印出A4纸也行)开始做实验,此时师兄师姐已经放手,就你自己。同样,这一步绝对、肯定还会出各种很离谱的错误,同样取决于前面步骤你做的功课是否充足,记住这些错误和卡顿的地方。

(7)再总结:第三次总结

同上操作。其实到这一步,你可能会发现真正困扰你也就是那几个步骤,当然这个因人而异。比如,做WB,有些童鞋是加样加不好,有些童鞋是转膜电极装反,有些童鞋是制胶制作不好。那么,这个就是你主要解决的问题了(主要矛盾),分出多点精力用于解决这些问题。

此外,如果你能熟练地把步骤基本走完,就可以开始再进行提升:(a)这个实验每一个步骤的用处是什么?每一个试剂的作用是什么?(b)这个实验的结果怎么分析?(c)这个实验的优点和缺点是什么?是否有其他实验进行优势互补?

掌握实验步骤是第一层,能够弄清楚背后的原理,知其然又知其所以然,那这个实验你才算是掌握了。也只有清楚后背后的原理,才可以很好地从本质去分析一些实验失败的原因。当然,如果你学有余力,在前面第一步或者总结中也可以适当思考这些问题,因人而异。

(8)无限循环

不断地实践-总结-再实践-再总结,值得注意的是,这个链条要迭代起来,千万不要实验失败了不做总结,就无脑地进行重复,这样就是假性努力,绝对杨白劳!这也是李四童鞋一直做不出的最底层的原因,战术的勤奋永远弥补不了战略的懒惰!

翻车点:有实验基础的童鞋可能迭代了4-5次就可以掌握了Chip,此时你手头那个涂改N次的实验步骤才是属于你的“直接经验”。但是,这是有时效性的,可能过一个月某个试剂、某个条件变化了,相对应的步骤也得调整。所以,得不断地迭代起来,不断地让主观臆想符合客观现实,这是一个长期工作,而不是绝对静止的。

给大家看看我Chip的实验步骤节选:

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这个是综合了3个试剂盒说明书、加上自己10多次实践迭代出来的属于我自己的实验步骤,前前后后折腾了4个月,饱含辛酸泪。

其中折腾我最久的是样本超声,要求超声后样本不能有气泡,且超声后DNA片段长度必须要规定范围内。简单介绍我的分析思路和解决办法:

(1)针对“超声后DNA片段长度必须要规定范围内”,通过查资料,确定了需要调整的参数只有2个,超声强度和超声时间(有效时间和暂停时间)。看了很多种方案,拟定出自己觉得可行的尝试方法,确定一个超声强度,摸索超声时间。第一次实践过程中,我发现我严重忽略了第一个条件“超声后样本不能有气泡”,用于测试的样本,刚开始超声,全部有气泡,还没开始就结束了。

(2)因此,我意识到,如何避免气泡,才是这个主要矛盾的主要方面!开始着力解决这个问题。首先,去了解气泡产生的原因,发现跟超声探头深度和装样本的EP管的稳固程度关系很大。那么,解决方案就是我需要自己DIY一个置物架,确保EP管足够稳固,且置物架还能保持四度低温。然后,去测试探头深入液面多深,会没有气泡,用替代液体测试了好几天,才找到合适的条件。实际上,我DIY的这个装置,估计能搞个实用新型专利,哈哈哈,不过懒就没做。

(3)搞定气泡以后,摸索超声强度和超声时间就简单多了。所谓解决了主要矛盾,就成功了大半。

四、开始瞎聊

看完以上,估计大家都有一个感觉,学个实验咋那么累,摸鱼和躺平不香么?我是这么理解的,不一定对(叠个甲):

《实践论》是一种方法论,这个应该好理解,其实底层也是反映出一种世界观,也就是你是怎么看待这个世界的。这个可能命题太宏大了,那就聚焦一些吧,就是你是如何看待学习和做实验的。

我接触的很多童鞋吧,基本都有上文提到的王五类似经历,情绪和实验成功率呈现正相关:实验成功了,就很开心,然后就没了,也不懂是怎么成功的,始终处于感性认识阶段;接着,实验失败了,马上emo,自我怀疑,可能就去搞娱乐活动安抚自己了,并没有深入地思考失败的原因,那就更不会分析出可能的改进方案用于下次的实践。

我们再看教员的这句话:“社会的人们投身于变革在某一发展阶段内的某一客观过程的实践中(不论是关于变革某一自然过程的实践,或变革某一社会过程的实践),由于客观过程的反映和主观能动性的作用,使得人们的认识由感性的推移到了理性的,造成了大体上相应于该客观过程的法则性的思想、理论、计划或方案,然后再应用这种思想、理论、计划或方案于该同一客观过程的实践,如果能够实现预想的目的,即将预定的思想、理论、计划、方案在该同一过程的实践中变为事实,或者大体上变为事实,那末,对于这一具体过程的认识运动算是完成了。然而一般地说来,不论在变革自然或变革社会的实践中,人们原定的思想、理论、计划、方案,毫无改变地实现出来的事,是很少的。这是因为从事变革现实的人们,常常受着许多的限制,不但常常受着科学条件和技术条件的限制,而且也受着客观过程的发展及其表现程度的限制(客观过程的方面及本质尚未充分暴露)。在这种情形之下,由于实践中发现前所未料的情况,因而部分地改变思想、理论、计划、方案的事是常有的,全部地改变的事也是有的。即是说,原定的思想、理论、计划、方案,部分地或全部地不合于实际,部分错了或全部错了的事,都是有的。许多时候须反复失败过多次,才能纠正错误的认识,才能到达于和客观过程的规律性相符合,因而才能够变主观的东西为客观的东西,即在实践中得到预想的结果。但是不管怎样,到了这种时候,人们对于在某一发展阶段内的某一客观过程的认识运动,算是完成了。

不知道大家看懂了没有,也就是说,失败本身就是常态,我们应该这么去看待世界(学习实验和做实验)。很多童鞋会有一种思想钢印,接受不了失败,失败一次就觉得天塌了下来一样,抱着这种心态,不emo才怪。当然,我认为,所谓的失败也是有区别的,一种是“失败后正确的反思”,一种是“败了就败了”,前者是有价值的失败,后者是无意义的失败。听到不少童鞋说:“实验结果不符合预期,钱白花了,时间浪费了”,我认为不一定:“如果按照《实践论》的方法论进行,失败就是一种财富,那是必须经历的阵痛和阶段;反之,那真是浪费时间和精力。”我一向反对在介绍经验时,刻意放大自己的成功经验,而忽视失败的经验,特别是如何从失败走向成功或者说从成功走向成功的反思和改进(当然还有主要矛盾和次要矛盾的混淆,这个我后面再说)。这会造成很多错觉:“成功似乎是一蹴而就的”、“努力就能成功”等等,其实危害非常大,潜移默化重塑了你的世界观。总结一下,我用一个不太恰当的比喻,假设掌握一门实验的步骤是:间接经验——实践——总结——再实践——再总结——如此循环,那么,人与人的差距可能在于:(1)间接经验的收集和消化能力(所以为什么要多读书,扩展视野,因为人是无法现象出自己完全没看到或者接触过的东西);(2)总结的能力(包括但不限于从实践中抽象出理论,找出规律,举一反三等)。由于以上差距,每个人循环的次数也会不同,但是吧,方法论对了,就算慢慢挪,那也大概率不会差到哪里去吧。

纵观教员的一生,他也是从无数次失败中爬出来的,只不过他的知识储备(中华五千年历史烂读于心)、悟性、毅力等品质不是你我能达到的,但是他的思想、世界观和方法论,我们是可以学习和借鉴的。所以,他谦虚地说他只是一个教员(老师),没错,他是全世界人民的老师。

以上,希望大家要有意识地运行《实践论》来指导自己的实验,甚至工作和生活。你要问我到底有没有用,请参考建党以来所取得的的成就,然后建议你去实践。

还有一个问题没回答:“学个实验咋那么累,摸鱼和躺平不香么?”,其实《实践论》可能不好回答,这得《矛盾论》,后面再聊。给一下我的浅显的看法:矛盾无处不在,不是你躺平就会消失的,而且会积累,到一定程度必然会激化爆发,这种爆发力伤害极大。

五、一些脑洞

学过机器学习神经网络的小伙伴可能会发现,《实践论》的过程是不是跟机器学习中的监督学习的过程很相似:给定模型一个目标,模型为了更逼近目标,不断调整自己的参数和网络架构,迭代个几百次,最终达到不错的拟合效果,训练出一个模型。然后,又使用模型运用到新一批的数据中,再次调整模型参数和网络构建,以适应新一批的数据。

那么,神经网络的原型是什么?是不是我们人脑的神经元及其相互的连接方式?因此,我们人脑可能就是一个高级的生物预测模型,基于我们的数据(认知、经历、反馈)训练出一个模型,用于理解和预测世界,由于模型的性能有差异,所以每个人理解的世界是不一样的(也就是世界观不同?)。但是呢,世界是持续变化的,因此模型也需要不断地迭代更新,才能适应变化复杂的世界。

说到这,有没有觉得,好像各个领域的底层逻辑在某种程度上是想通的,所谓的哲学上的统一?

六、后话

以上都是我自己的理解吧,一家之言,说错还是我造诣太浅,《实践论》常看常新,写个笔记做一下抽象和总结,也希望对大家有一些借鉴作用。我所带的小组入门第一篇文章,就是建议他们去看《实践论》,目前来看,运用得好的,毕业所取得的成果不会太差。

后面有缘再分享我对毛选其他文章的理解及其在科研中的应用吧。

七、推荐的资源

【两万字解读《实践论》:唯物主义的知行合一的世界观的构建——从柏拉图到费尔巴哈再到马克思的思维进化【毛选启示录】】

【7000字说清,主席实践论如何知行合一(上)】

【7000字说清,主席实践论如何知行合一(下)】

【研究生入学必读的第一篇文献】

 

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