作者，Evil Genius

每一个组学内容都很多啊，都需要花费大量的时间学习，学习的最好阶段就是学生阶段，你的导师就是你的伯乐，像我这种社会底层人员，纯纯没事干，学了有没有用真的不知道。

这一篇我们继续分子动力学，上一步我们处理配体分子得到符合Gromacs的出入文件

这里我们只需要gro和top文件，做简单的修改即可使用。

首先我们第一步，要把top文件转化成itp文件，因为在分子动力学模拟的时候只能有一个主top文件，而我们之前对蛋白质处理生成了一个top文件。

我们先来看一下配体分子的top文件

首先去头，把[ moleculetype ]前面的全部删掉